Under Gravel Terbalik
Salah satu masalah dalam menggunakan filter under gravel adalah kemungkinan akan tersumbatnya aliran sebagai akibat akumulasi kotoran yang tidak dapat diproses dengan cepat. Kotoran ini dapat menumpuk diantara gravel, menyebabkan penyumbatan sehingga pada akhirnya dapat mengurangi kinerja dari filter tersebut. Salah satu pemecahannya adalah dengan relatif sering menyipon dan membersihkan lapisan gravel secara teratur. Pembersihan tersebut hendaknya dilakukan secara parsial, agar bakteri pengurai tidak habis "tercuci".
Cara lain adalah dengan memisahkan endapan dari gravel. Hal ini dapat dilakukan dengan menggunakan metode fiter under gravel dengan aliran terbalik. Gambar 3 menunjukkan diagram bagaimana pemisahan tersebut dilakukan. Pemisahan proses pengendapan dilakukan dengan menambahkan satu unit filter di luar akurium utama. Tugas utama filter ini adalah melakukan filtrasi secara mekanik (Sebuah filter kanister boleh digunakan untuk melakukan tugas ini). Setelah melalui proses filtrasi mekanik, air selanjutnya dikembalikan (dengan bantuan pompa) ke akuarium utama melalui pipa out let filter under gravel. Selanjutnya air akan menyebar dibawah filter under gravel kemudian menembus lapisan gravel. Pada saat melalui lapisan gravel inilah air mengalami proses filtrasi biologi. Dengan demikian ketika air berada kembali di ruang utama akuarium diharapkan telah terbebas dari amonia.